Més de dos-cents anys després de la seva mort, Ripley (Sigourney Weaver) torna a la vida gràcies a l'ús de tècniques avançades de clonatge. Però, durant el procés, l'ADN de Ripley s'ha barrejat amb el de la Reina Alien, per la qual cosa Ripley comença a desenvolupar certes característiques de la perillosa alienígena.