La trama es basa en l'existència de dos mons: Sylvarant i Tethe'alla. Aquests originalment eren un, però després d'una gran guerra, un heroi va decidir separar-los i mitjançant l'ús de les organitzacions i l'església de Martel, va crear un ritual de regeneració del món. No obstant això, aquest ritual només serveix per a un dels mons, i perquè un prosperi l'altre ha de deteriorar-se. La sèrie i el videojoc en el qual es basa s'inicia quan Colette Brunel, la triada de Sylvarant, inicia el seu viatge per regenerar el món, al principi amb la seva professora Raine Sage i amb el mercenari Kratos Aurion, fins unir-se a Lloyd Irving i Genis Sage.