McGarrett logra atrapar a Wo Fat en Tokio, pero el avión sufre un atentado estrellándose en la selva. Los Yakuza persiguen a Wo Fat por órdenes de Adam Noshimuri, quien busca venganza por el asesinato de su padre, por otro lado Danny investiga el asesinato de una agente de CIA, pero lo perjudica tras ser atrapado por unos agentes corruptos de dicha agencia.