La première journée de Beckett en tant que capitaine du 12e arrondissement tourne au cauchemar lorsqu'un mystérieux appel téléphonique provoque sa disparition. Castle, Ryan et Esposito tentent de retrouver sa trace, aidés dans leur recherche par Alexis et Hayley Shipton, un enquêteur privé anglais. Ils découvrent que son équipe de la division «enquêtes spéciales» a complètement été décimée, y compris l'ancienne partenaire de Beckett à Washington, Rachel McCord, laissant croire à un gang de tueurs à gages. Castle est de plus en plus inquiet et décide de demander l'aide du prisonnier William Bracken. Celui-ci révèle à Castle que l'obsession de Beckett finira par la conduire à sa perte...