Rétabli après sa blessure par balles, l'agent spécial G. Callen réintègre l'OPS de Los Angeles, spécialisée dans les missions d'infiltration. Il retrouve Sam, Kensi, Hetty et Dominic, une recrue dont les compétences en informatique font l'admiration de tous. L'équipe doit enquêter sur l'assassinat du commandant McGuire. Celui-ci était chargé d'une opération visant à démanteler un cartel de drogue au Mexique.